163 ورقة بحثية
تقترح هذه الورقة وتتحقق من صحة إطار عمل لتحليل البيانات التركيبية لتحليل التدفق الأيضي النظائري (I-MFA) يستخدم تحويلات النسبة اللوغاريتمية المتساوية القياس لاستبدال حسابات المسافة الإقليدية القياسية، مما يقلل بشكل كبير من أخطاء التقدير ويضيق فترات الثقة مقارنة بالطرق التقليدية.
تقدم هذه الورقة نهجاً خوارزمياً أمثلاً يستفيد من التعقيد الخوارزمي لاستنتاج نماذج الشبكات البولينية غير المتزامنة من البيانات التجريبية المشوبة بالضجيج، مما يوازن بفعالية بين ملاءمة النموذج، وحجمه، والكفاءة الحسابية.
تقدم هذه الورقة النماذج الميكانيكية العميقة (DMMs)، وهي إطار عمل يدمج تعلم التمثيل شبه المُشرف مع نماذج المعادلات التفاضلية العادية للكشف عن أن عدم تجانس إشارات MAPK في الثدي مدفوع أساساً بعوامل خارجية المسار بدلاً من التباينات الجوهرية في المسار، بينما يستخدم في الوقت ذاته التباينات في النماذج لتحديد آليات بيولوجية جديدة.
تقدم هذه الورقة تسلسلاً هرمياً متغاير التباين من الواصفات (cBST1–cBST3) لنظرية الأنظمة البيوكيميائية يضمن اتساق الإحداثيات تحت إعادة المعلمة غير الخطية، وتثبت من خلال التحقق الكمي على نماذج تحلل السكر في الخميرة أن هذه الحدود ذات الرتب العليا تقلل بشكل كبير من أخطاء التقريب وتتنبأ بدقة بسلوك البتر مقارنة بالطرق الكلاسيكية.
تُصنف هذه الورقة البحثية بشكل منهجي اعتماد الحجم على التوازن التفصيلي العشوائي في شبكات التفاعل الكيميائي من خلال تقديم تصنيف رباعي الأنواع، يميز بين التوازن المعتمد على المعلمات والتوازن المفروض بنيوياً، ويحدد فئات الشبكات التي تحقق التوازن التفصيلي لجميع الأحجام وثوابت المعدل مع تمكين بناء أنظمة ذات جهود عالمية ثنائية البئر.
من خلال دمج التنميط البروتيني العميق مع رسم خرائط سمات الصفات الكمية (QTL) في نموذج فأر متنوع جينياً لمرض MASLD، تبني هذه الدراسة شبكة شاملة من الجينات والبروتينات والأنماط الظاهرية تحدد إنزيم يوبيكويتين ليغاز E3 المعروف بـ Ubr1 كمنظم مركزي يربط بين استقرار البروتينات واستقلاب الدهون وبين القابلية للإصابة بالمرض.
تقدم هذه الدراسة منصة ميتابولوميات غير مستهدفة وقابلة للتوسع باستخدام بويضات ضفدع إكسينوبوسس المحضنة في مصل بشري، وذلك لفك التشفير بنجاح وتوصيف خصوصيات الركيزة لخمسة من بروتينات ناقلات المحلول البشرية، مما أدى إلى استعادة الركائز المعروفة وتحديد نواتج الأيض الجديدة المنقولة.
تقدم هذه الدراسة منصة مبتكرة للتكامل بين الأوميكس الخلوية والبنية الفائقة (COSI) تعمل على رسم خرائط التعبير الجيني للخلية الواحدة والبنية الدقيقة فائقة الدقة في آن واحد لتحديد مجموعات جينية محددة تتحكم في ثقوب الخلايا البطانية الجيبية الكبدية، مما يوفر علامات جزيئية جديدة لتقييم وعلاج الأمراض الأيضية مثل التهاب الكبد الدهني غير الكحولي (NASH) وداء السكري.
إن MORPHE هو إطار عمل للذكاء الاصطناعي يجسّر الفجوة بين الأوميكس المكانية وتوليد الصور من خلال رسم خرائط للهويات الخلوية المنفصلة والعلاقات المكانية في فضاء كامن مستمر، مما يتيح تخليق وإعادة بناء وتوسيع البنى النسيجية المخلصة بيولوجياً بدقة الخلية الواحدة عبر مجموعات البيانات ثنائية وثلاثية الأبعاد.
تؤسس هذه الدراسة إطاراً كمياً خالياً من المعلمات يثبت أن التنافس البكتيري أثناء مرحلة التجويع مدفوع بإعادة تدوير المادة الميتة، حيث تخلق الاختلافات الفسيولوجية في متطلبات الصيانة وامتصاص المغذيات ديناميكيات بقاء تعتمد على التكرار يمكن التنبؤ بها بدقة من خلال نموذج حوض الطاقة المشتركة.